O primeiro passo, para a construção do Hospital S. João de Deus, foi dado em 1943 pela Ordem Hospitaleira de S. João de Deus que idealizava a construção de um edifício ou de um monumento dedicado ao seu Santo Patrono, S. João de Deus na sua terra natal.
Assim, em 1947, iniciaram-se as obras de construção do edifício que acabou por ser transformado num hospital para crianças doentes e pobres. Foi no dia 3 de Outubro de 1950 que foi inaugurado o Hospital, que na altura foi designado de Hospital Infantil S. João de Deus já que era dedicado às crianças doentes.
No dia da inauguração do Hospital passaram pela cidade de Montemor-o-Novo, as relíquias de S. João de Deus, vindas de Granada e seguiram para Lisboa para as Comemorações do IV Centenário do Falecimento do Santo. Foi nesta altura, também, que foi edificada a Igreja de S. João de Deus que fica situada junto ao Hospital e, à qual, muitos dos doentes aqui internados e suas famílias e amigos recorrem para pedir auxílio espiritual e sentir a presença de S. João de Deus.
Com a generosa ajuda da Fundação Calouste Gulbenkian foi possível em 1966 que o novo Hospital fosse inaugurado, assim como, em Setembro de 1969 fosse aberto o Serviço de Hidroterapia.
É na área da Reabilitação Física que o Hospital tem sido uma referência a nível nacional já que possui ginásio, eletroterapia e, oficinas ortopédicas para produção adaptação e manutenção de próteses, ortóteses e calçado ortopédico. É de referir que, em Portugal, não existe mais nenhuma Instituição Hospitalar com todas estas valências integradas.
Este Hospital já se estabeleceu há mais de meio século e durante todo este tempo foi renovado e adaptado às necessidades que foram surgindo na nossa sociedade. Durante estes anos, a nossa população atendida aumentou bastante e acabaram por ser adultos os que hoje beneficiam mais desta Instituição em vez das crianças, como inicialmente. Por tudo isto, em Novembro de 2004 a designação de Hospital Infantil S. João de Deus foi alterada para Hospital S. João de Deus.
O Hospital integra desde Novembro de 2009 a Rede Nacional de Cuidados Continuados Integrados, com uma Unidade de Cuidados Continuados de Convalescença e uma Unidade de Cuidados Paliativos.
Em 2016 foi integrada uma Unidade de Cuidados Continuados de Média Duração e Reabilitação e uma Unidade de Longa Duração e Manutenção, ambas também da RNCCI.
Possui ainda uma Unidade de Reabilitação e Manutenção de utentes, que iniciou o seu funcionamento após a suspensão definitiva da cirurgia em 2014, valência esta, que se caracterizou principalmente pela especialidade de Ortopedia, que foi o marco principal da instituição.
O Hospital S. João de Deus é um dos Estabelecimentos Hospitalares do Instituto S. João de Deus, Instituição Particular de Solidariedade Social que pertence à Província Portuguesa da Ordem Hospitaleira de S. João de Deus e, por isso, define-se como Hospital católico na sua identidade, na sua finalidade e na sua atuação.
